Nel luogo già abitato dai monaci Basiliani armeni fin dal 1343, si insediarono nel 1614 i frati Minimi, che mutarono l’originario titolo di San Basilio e Sant’Onofrio con quello di San Francesco di Paola. Le trasformazioni ancora visibili risalgono infatti a quell’epoca, quando fu ampliato il convento e riedificata la chiesa con un ampio loggiato aperto su tre lati. Il convento fu soppresso nel 1782 e nel periodo napoleonico la chiesa fu usata come ferriera. Nel 1866 il complesso fu acquistato dai Cappuccini, che lo ristrutturarono, riconsacrando la chiesa nel 1872 con il titolo attuale.

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